Řada aplikací vyžaduje kvůli bezpečnostním normám, bezpečné zastavení celého stroje při výpadku elektrické energie. Klasickým řešením je použití elektromagnetické brzdy, kdy je elektromagnetem rozevírána pružina v normálním režimu. V případě výpadku napájení elektromagnet pružinu nepřetlačí a brzda sepne ( v řádu 30 - 60 milisekund ). Většinu krokových motorů je možné na osadit elektromechanickou brzdou na zadní části krokového motoru s použitím zadního výstupu hřídele. Krokový motor s brzdou je pak dále možné osadit brzdou s dutou hřídelí a za brzdu umístit enkodér nebo další brzdu.
Díky bezpečnostním normám vyžadují některé aplikace použití dvojitého jištění brzdami. Je možné dodat krokový motor s dvěmi brzdami.